När Jay undersöker ett rutinärende upptäcker han en stor intergalaktisk komplott som planerats av Serleena, ett rymdmonster som har förklätt sig till tjusig modell. När Serleena tar alla i MIB-byggnaden som gisslan finns det bara en som kan hjälpa Jay att rädda dem alla, nämligen Kay.
När Jay undersöker ett rutinärende upptäcker han en stor intergalaktisk komplott som planerats av Serleena, ett rymdmonster som har förklätt sig till tjusig modell. När Serleena tar alla i MIB-byggnaden som gisslan finns det bara en som kan hjälpa Jay att rädda dem alla, nämligen Kay.