Hjältarna i den kryptozoologiska byrån Monarch ställs inför en samling av historiens största monster när Godzilla möter Mothra, Rodan och den trehövdade King Ghidora. När de forntida superarterna man länge bara trodde var en myt reser sig och går till angrepp för att ta makten står hela mänsklighetens existens på spel.
