Genom en banbrytande teknik som låser upp Callum Lynchs genetiska minnen, får han uppleva sin förfader Aguilars liv i 1400-talets Spanien. Callum upptäcker att han härstammar från en hemlig sammanslutning av lönnmördare, och utvecklar deras otroliga kunskaper och färdigheter som krävs för att ta sig an den grymma Tempelherreorden i nutid.